深入貫徹“以應用基礎研究與技術研究為主兼顧基礎研究”的科技發展方針，秉承“依靠專家、堅持創新、深入基層、加強服務”為核心的科研管理理念，全面推動推進“科技創新”、“成果孵化”與“成果轉化”三大體系建設，深化科研內涵發展。

建立與完善以遼寧省國家重大新藥創制綜合平臺為核心，以各級各類重點實驗室、工程技術研究中心為支撐、以重大科研項目為載體的新藥臨床前研發體系。新增10個省級以上重點實驗室、工程中心，現有國家級科研平臺1個、省級以上重點實驗室和工程中心45個。其中，遼寧省國家重大新藥創制綜合平臺繼2012年以全國第五位的成績順利通過“十一五”結題驗收后，再次獲得“十二五”國家科技重大專項滾動支持，確保了學校在國內新藥研發領域“國家隊”地位。學校化合物與微生物資源庫入選國家化合物樣品庫衛星庫，增強了學校新藥研發的物質基礎條件。

建立與完善以大學科技園、本溪藥物研究院為主體，以工程化、產業化技術研究和技術服務為核心，以中國藥都的企業為主要合作伙伴，以市場化方式運營為紐帶的科技成果孵化體系。獲批籌建省級大學科技園，國家化合物樣品庫衛星庫作為首批重點項目已納入建設。

本溪藥物研究院人員規范不斷擴大、科研工作不斷深入。現有師生100余名，其中海外引進人才7名，共承擔國家科技重大專項1項、遼寧省科技計劃項目14項、本溪市市本級項目3項，縱向科研經費到款總計2300余萬元。與中國藥都企業簽訂技術貿易合同10余份，合同成交額300余萬元。

建立與完善以國家創新藥物產學研戰略聯盟、遼寧省生物醫藥產業共性技術平臺為核心，以國內外大中型制藥企業為主體，以互利共贏為目標的科技成果轉化體系。“十一五”期間，學校積極與國內大型制藥企業建立戰略合作關系，“創新藥物產學研戰略聯盟”成員單位已由成立設之初的18家增至35家，通過開展校企互訪、主動征集企業需求、組織召開聯盟會議等，提升了學校在全國范圍成果輻射效應和科技服務能力。遼寧省生物醫藥產業共性技術創新平臺由我校牽頭，聯合中國醫科大學等省內核心醫藥類科研機構共同建設，通過深化與省內制藥企業的科研合作關系，學校服務區域經濟發展能力不斷提升。

“十二五”期間，科研經費總到款2.75億元，較“十一五”增長8%。其中縱向科研經費到款合計1.87億元、較“十一五”增長7%，橫向到款額總計8763萬元、較“十一五”增長9%，縱橫向年均分別增長31%和5%。共主持承擔國家級課題147項，較“十一五”增長41%。“十二五”以來國家級課題資助額1.45億元，較“十一五”增長2%。

共獲得各級各類科技獎勵189項，較“十一五”增長8%，是“十五”的3.63倍。共發表SCI收載論文1507篇，較“十一五”降低10%。共申請發明專利385項，較“十一五”增長5%。共授權發明專利305項，是“十一五”的3.63倍。受國家新藥審批政策調整影響，“十一五”以來，學校獲新藥證書和臨床批件數明顯減少，“十二五”以來，獲得1項臨床批件。