以重點學科建設為主體，強化學科建設的龍頭地位，集中力量和資源，支持優勢與特色學科，扶持新興學科，保持學科特色和辦學后勁。中藥分析學被評為國家中醫藥管理局重點學科（全國獲批六個，遼寧省僅此一個），藥學和中藥學一級學科入選遼寧省高等學校一流特色學科。累計獲得中央和省級學科建設經費直接投入9099萬元，遠超“十二五”前歷年經費投入總和。主辦或承辦國內外高端學術會議21項，其中獲遼寧省教育廳立項資助12項，資助數量和金額在全省高校中名列前茅。

在全國第三輪學科評估中，我校藥學一級學科排名第四，是全國排名前八高校中唯一的省屬高校，也是遼寧省屬高校學科排名最高的學校；中藥學一級學科位于全國并列第四檔（第九名）；兩個學科在遼寧省均排名第一。在USNEWS最新全球大學專業排名中，我校藥理學與毒理學科進入世界前100強，排名世界第60位，國內排名第4位。ESI最新數據顯示，藥理學與毒理學科排名世界前0.14%，學科發表SCI論文數世界排名第29位，國內排名第3位；化學學科排名世界前0.77%，發表SCI論文數排名世界前0.28%。

新增中藥學博士后流動站1個、工程碩士（食品工程領域）專業學位碩士授權點1個，以原有二級學科學位授權點為基礎增列了化學、化學工程與技術、生物學、工商管理、中西醫結合等5個一級學科，自主備案設置了生物信息學、功能食品學、環境化工、生物醫藥檢驗學、生物醫藥材料學和環境化學等6個二級學科，學位點建設取得突破，學位點授權體系進一步完善。現有藥學博士后流動站2個、一級學科博士學位授權點2個、二級學科博士學位授權點19個、一級學科碩士學位授權點7個、二級學科碩士學位授權點52個、碩士專業學位授權點4個，已經形成了橫跨醫學、理學、工學、管理學四個學科門類、七個一級學科的研究生學位培養體系。

堅持“以藥學類專業群建設為主線、帶動相關專業協調發展”的建設思路，深化專業綜合改革，強化專業內涵建設，穩步拓寬專業布局，持續優化專業結構，推動了專業內涵和外延的雙向發展。依托我校“基礎藥學國家理科基地”、“生物制藥國家生命基地”、藥學、藥物制劑、制藥工程、生物工程、中藥學等傳統優勢專業，針對性地開展“專業綜合改革”、“工程人才培養模式改革”、“創新創業教育改革”、“課程體系國際化改革”等各項改革，不斷鞏固傳統專業的辦學優勢，凝練辦學特色，強化專業內涵。根據對醫藥及相關行業發展趨勢的前瞻性認識，增設生物醫學工程、藥物分析、生物制藥、葡萄與葡萄酒工程、藥物化學、中藥制藥6個本科專業，使本科專業數由“十一五”期間的15個增至21個，增長比例達40%，進一步拓寬了藥學類專業布局，延伸了藥學教育范疇。